В основные полномочия Арбитражного суда города Москвы входит:
рассмотрение в первой инстанции всех дел, подведомственных арбитражным судам в Российской Федерации,пересмотр по вновь открывшимся обстоятельствам принятые им и вступившие в законную силу судебные акты;обращение в Конституционный Суд Российской Федерации с запросом о проверке конституционности закона, применённого или подлежащего применению в деле, рассматриваемом им в любой инстанции; изучение и обобщение судебной практики; подготовка предложений по совершенствованию законов и иных нормативных правовых актов;анализ судебной статистики.
Структура Арбитражного суда города Москвы определена федеральным конституционным законом "Об арбитражных судах в Российской Федерации". В состав Арбитражного суда города Москвы входят: Председатель Арбитражного суда, Заместители председателя Арбитражного суда, Президиум Арбитражного суда, Руководитель аппарата - администратор арбитражного суда, коллегия по рассмотрению споров, возникающих из гражданских и иных правоотношений, коллегия по рассмотрению споров, возникающих из административных правоотношений.